В клинике работают 32 научно-исследовательских медицинских института. Eжегодно в Медицинском Центре Мюнстерского университета проводятся медицинские конгрессы с участием крупнейших мировых экспертов.
Kлиника Мюнстер является базовой в федеральной земле Северный Рейн-Вестфалия по сбору, обработке и изучению данных об онкологических больных.
С 1998 на базе клиники работает Центр трансплантации костного мозга.
Центр онкологии и гематологии считается наиболее авторитетной клиникой в Германии в области детской онкологии и является координационным центром в лечении острых миелоидных лейкемий и других онкологических заболеваний, таких как: лимфомы, карциномы легких, простаты, груди, саркомы костных и мягких тканей.
Одним из новых направлений центра онкологии является лечение опухолей сердца.
Центр тесно сотрудничает с клиниками нейрохирургии, лучевой терапии и институтом нейропатологии.
Нейрохирургический центр под руководством профессора Васмана. Здесь выполняются все виды нейрохирургических операций с использованием ассистированной компьюторной навигации, Гамма-нож.
Главной специализацией центра является проведение малоинвазивных кардиохирургических операций без применения аппарата искусственного кровообращения.
Кардиологи и кардиохирурги успешно лечат больных, нуждающихся в срочной трансплантации сердца. Также разрабатываются и применяются альтернативные операционные методы для пациентов, которым не показана трансплантация. Это, в частности, имплантация водителей ритма, шунты высокого риска, операции на клапанах сердца.
Центр репродуктивной медицины (лечение бесплодия) и экстракорпорального оплодотворения под руководством профессора Нишлага. Одной из специализаций центра является лечение репродуктивной способности мужчин.- андрология.
В клинике уделяется большое внимание молекулярной медицине.
Клиника оснащена самыми современным диагностическим оборудованием.
Недавно открытый в Японии метод двойной баллонной энтероскопии применяют для исследования желудочно-кишечного тракта.
Этот метод пока еще является редким даже в крупнейших медицинских центрах Европы и Америки.